aquaculture bioinformatic

Ujian TI hari ini jurnal dapat di lihat disini

                                                                             Klikaja

Resume

 

Sumber daya Genomic untuk satu ikan berbadan pipih komersil, sendiri Yang Senegal ( Solea senegalensis ): Penderetan EST, oligo microarray desain, dan pembangunan dari platform Soleamold Bioinformatic    

Genomic meneliti dalam laboratorium model ikan, seperti itu zebrafish ( Danio rerio ), medaka ( Oryzias latipes ) dan pufferfish ( Tetraodon nigroviridis dan Takifugu rubripes ), telah menyokong mengerti mekanisme dari pembangunan hewan bertulang belakang dan telah tumpahkan cahaya dengan kurang baik mengerti gejala evolusiner seperti duplikasi genome dan gen duplikat. Penggunaan dari teknologi genomic pada ikan penting di dalam aquaculture cari-cari ulang produksi massal dari targetkan jenis, yang mungkin punya satu dampak dalam pada kesejahteraan manusia sejak ikan adalah satu sumber makanan utama untuk manusia.

Pernyataan ini sangat berguna di dalam menyediakan satu fisiologis dan genetik landasan dari regangan dengan perkembangan ditambahkan atau daya tahan penyakit untuk mengidentifikasi gen kunci dan terbelit jaringan genetik.  

Salmonids merupakan ikan komersil yang penting maupun ikan yang memiliki model unik untuk pembahasan evolusiner tetraploids, satu urutan besar terungkap pasang label (EST) database dan beberapa jenis dan spesifik jenis cDNA microarrays baru-baru ini telah dikembangkan [3-8].

Bagaimanapun upaya telah dibuat untuk secara parsial urutan transcriptome dari tisu spesifik pada beberapa jenis [9-15] di sana mempunyai alat genomic sedikit siap untuk secara komersial laut relevan pancing, terutama untuk fungsional genomics belajar.

Ikan berbadan pipih, anggota dari Pleuronectiformes order secara relatif group besar dari teleosts dengan kesana-sini 570 masih ada jenis. Mereka adalah benthic dan carnivorus, dan paling adalah jenis laut, walau sekitar empat mungkin terjadi hanyalah di air tawar. Ikan ini mengalami satu pembangunan unik proses, dikenal sebagai metamorfosa.

Dalam perubahan fisiologis,peraturan molekular ini masih sangat sulit dipahami. Ikan berbadan pipih panjang adalah satu makanan pilihan, dengan banyak anggota dari group (misalnya., halibut, ikan laut gepeng, sol, ikan laut, ikan laut berbentuk pipih) menjadi penting untuk perikanan komersil.

Dengan kemerosotan di seluruh dunia yang umum di perikanan liar dengan satu sebenarnya stabil, tangkapan liar dari ikan berbadan pipih, teliti ke dalam menghasilkan mereka di aquaculture

telah underway untuk terakhir lima belas ke duapuluh tahun.

Kurangnya pengetahuan dari mekanisme fisiologis dan genetik dapat merusak dalam pembangunan aquaculture karena kemampuan dari mekanisme fisiologi dan genetika merupakan cara untuk mengontrol barang tiruan di keadaan tertangkap dan itu untuk meningkatkan perkembangan larva dan daya tahan penyakit.

Pleurogene merupakan salah satu inisiatif proyeksi yang dibiayai oleh Genome Spanyol dan Kanada Genome,Pleurogene dibuat untuk meningkatkan pemahaman dengan proses fisiologis dan evolusiner

mempengaruhi barang tiruan dan pembangunan larval dan survival dari keduanya. Orang Senegal menyol dan Atlantik Ikan 'pecak' Lautan di alam lingkungan alami dan aquaculture. Proyek ini telah mengembangkan genomic dan proteomic diteliti alat pertolongan . Di sini kita melaporkan penetapan

dari satu database EST untuk Orang Senegal sendiri mengandung 5,208 urutan cDNA, dankonstruksi. Pengesahan dari satu oligo mendasari microarray untuk pelacakan dari 5,087 catatan bereputasi baik dari jenis ini. Sebagai tambahan, satu platform bioinformatic interaktif masukkan Soleamold, dikembangkan untuk mengakomodasi database EST dan akibat oleh microarray dan di tempat asal hybridization (ISH) percobaan, disajikan. Sekarang ini, platform ini

hanyalah kandung data pada pembangunan gonada sendiri Orang Senegal tapi ini dapat dipublikasikan di masa mendatang dengan data dari lain tisu dan organ, seperti halnya dari ikan berbadan pipih lain, untuk jadi satu bahan penelitian genomic untuk ikan berbadan pipih.

Nama        : Mega Rahadiyani

NIM           : 26010210120009

Prodi                   : BDP’ 10

Penerapan BioInformatika di bidang budidaya

Resume Jurnal KLIK

Pengamatan jenis kelamin ikan guppy, baik maupun contoh perlakuan pemberian pakan berhormon, dilakukan secara morfologi dengan mengamati bentuk dan warna tubuh pada ikan. Ikan guppy jantan memiliki bentuk tubuh yang lebih ramping, bagian pangkal ekor lebih gelap dan ekor  tampak lebih panjang berwarna warni serta bentuk ekornya fan tail. Sedangkan ikan guppy betina bentuk tubuhnya lebih besar, pangkal ekor cerah transparan berbentuk ekor round tail. Dalam jurnal tersebut di jelaskan bahwa keberhasilan pembalikan kelamin dipengaruhi oleh beberapa faktor yaitu metode pemberian, lama pemberian, jenis hormon, dosis hormon, dan suhu selama perlakuan. Konsentrasi yang tinggi atau lebih dari 10 mg/kg pakan dan waktu periode pemberian yang lama dapat menyebabkan terjadinya efek berlawanan dari hormon methytestosteron.

Rendahnya nisbah kelamin jantan ikan guppy diduga juga karena faktor rendahnya suhu air yang berada di bawah kisaran optimal. Derajat keasaman (pH) berkisar antara 6,5 - 7,0 sehingga masih dalam kisaran pH yang optimal.Menurut Basuki (2002) Derajat keasaman untuk ikan guppy tumbuh optimal antara 6,3 - 8,3. Konsentrasi oksigen terlarut dalam media pemeliharaan juga dalam kondisi yang optimal untuk pertumbuhan dan kelangsungan hidup ikan guppy berkisar antara 6,5 – 7,0 mg/l. Konsentrasi kadar oksigen yang optimal untuk kelangsungan hidup dan pertumbuhan ikan guppy minimal 4 mg/l. Kelarutan oksigen pada penelitian ini tidak membawa dampak yang negatif terhadap tingkat kelangsungan hidup serta nisbah kelamin jantan ikan guppy. Methyltestosteron memberikan pengaruh terhadap nisbah kelamin (seks rasio) ikan guppy. 

Nama : Mega Rahadiyani

Nim  : 26010210120009

Prodi : Budidaya Perairan

STUDI BIOINFORMATIKA MIKROBA Streptomyces PENYANDI GEN TGase PENGHASIL ENZIM TRANSGLUTAMINASE

Bioinformatika merupakan penerapan teknik komputasional untuk mengelola dan menganalisis informasi biologis.bidang ini mencakup penerapan metode-metode matematika, statistika dan informatika untuk memecahkan masalah-masalah biologis, terutama dengan menggunakan sekuens DNA dan asam amino serta informasi yang berkaitan denganya.

Pada saat ini bioinformatika telah digunakan untuk membuat primer degeratif gen penyaji  enzim transglutaminase (Tgase). Beberapa mikroorganisme penyandi gen Tgase yang menghasilkan produk enzim transglutaminase. Bioinformatika yang digunakan untuk mengorganisasi  dan menganalisa data-data tersebut menjadi sebuah informasi biologis yang bermakna. Studi bioinformatika merupakan aplikasi dari bidang biologi, kimia organik, statistik dan bidang statistik informatika. Bidang ini menggunakan berbagai aplikasi dari software komputasi untuk menganalisa dan menangkap juga menginterpretasikan data-data biologi molekul serta didukung oleh keediaan internet. Dalam jurnal tersebut memaparkan studi bioinformatika pada sekuen basa dan asam amino mikroorganisme penyandi gen transglutaminase. Transglutaminase (protein glutaminglutamiltransferase [EC2.3.2.13]) merupakan sekelompok enzim yang mengkatalisis reaksi transfer

asil antara kelompok karboksiamida residu glutamine di dalam rantai peptide dan sekelompok amino dalam

residu lisin menghasilkan pembentukan glutamil lisin.  Transglutaminase yang berasal dari Streptoverticillium mobaraense telah digunakan pada industri makanan untuk memodifikasi protein. Transglutaminase ini telah digunakan sebagai perekat protein pada daging, ikan, produk kosmetik, atau produk makanan yang berbentuk jel misalnya jelly, yogurt dan keju. fermentasi konvensional, tetapi pada saat ini perlu dikembangkan sistem produksi yang efisien. Kebutuhan akan enzim transglutaminase yang besar memerlukan produksi yang besar pula. Untuk mendapatkan enzim transglutaminase secara besarbesaran, salah satunya adalah dilakukan melalui produksi enzim rekombinan. Oleh karena itu, diperlukan tahapan proses kloning dan ekspresi gen TGase yang menyandi enzim ini.

Di Indonesia, Bioinformatika masi belum   dikenal oleh masyarakat luas. Hal ini dapat dimaklumi karena penggunaan komputer sabagai alat bantu belum merupakan budaya. Bahkan di kalangan peneliti sendiri, barangkali hanya para peneliti biologi molekul yang sedikit banyak mengikuti perkembangannya karena keharusan menggunakan perangkat-perangkat Bioinformatika untuk analisa data.

Jenis mikroba yang digunakan yaitu mikroba sumber gen dan mikroba inang. Mikroba sumber gen adalah mikroba hasil pencarian melalui studi bioinformatika, yaitu bakteri kelompok Streptomyces dan kelompok Streptoverticillium, sedangkan yang akan digunakan untuk sel inang adalah Escherichiacoli yang merupakan mikroba non patogen yang sudah dikomersialkan sehingga penanganannya relative lebih

mudah untuk ekspresi protein. Software yang digunakan yaitu Gen Bank Data Base dari National Center for Biotechnology Information (NCBI) untuk mencari mikroba sumber gen; Basic Local Alignment Search Tool (BLAST) dari NCBI untuk studi kemiripan dan homologi sekuens gen; CLC free Workbench 3 untuk melihat

sekuens gen secara keseluruhan, Clustal W dari BioEdit versi 7.0.4.1 untuk alignment sekuens gen; Genomics Expression versi 1.100 untuk pembuatan desain primer; fastPCR versi 5.0.214 untuk pengujian desain primer secara in silico (Gloria, 2005; Sonia, 2007). Adapun tahapan studi bioinformatika secara menyeluruh yaitu:

1. Penelusuran Informasi sumber penghasil enzim transglutaminase melalui genbank dari www.ncbi.nlm.nih.gov maupun swissprot.

2. Mengumpulkan informasi sekuens nukleotida komplit genom yang kemudian disimpan dalam

bentuk notepad sesuai dengan nama mikroorganismenya

3. Membuat kemiripan sekuens basa dan sekuens asam amino yang berasal dari mikroorganisme penghasil transglutaminase.

4. Menentukan primer forward dan primer reverse yang sesuai untuk mengekspresikan gen yang memproduksi enzim transglutaminase

5. Menguji pengujian desain primer secara in silico dan menggunakan DNA Calculator online

 http://www.bbrp2b.kkp.go.id/publikasi/prosiding/2008/brawijaya/17.%20STUDI%20BIOINFORMATIKA%20MIKROBA%20Streptomyces%20PENYANDI%20GEN%20TGase.pdf

Metode SIG dan INDERAJA

Metode pengindraan jauh (inderaja) dan sistem informasi Geografis (SIG) di lakukan dalam melakukan analisis perubahan penggunaan lahan. Metode ini telah digunakan dalam meneliti pola penggunaan lahan di suatu wilayah Daerah Aliran Sungai (DAS) yang penaataannya tidak sesuai. Penataan yang tidak sesuai ataupun kurang sesuai ini menjadikan perubahan yang cukup besar dalam tatanan lingkungan yang berupa menurunya kualitas lingkungan. Penataan ruang  DAS yang tidak sesuai dapat menyebabkan berbagai masalah, salah satu masalah yang dapat timbul adalah terbentuknya lahan kritis ataupun terjadinya pencemaran. Dari berbagai sungai-sungai di daerah DAS yang telah dilakukan pengamatan, pencemaran yang paling berat terjadi di kali Surabaya yang mengalir dari daerah Dati II kabupaten atau kotamadya Mojokerto, kabupaten Sidoarjo, kabupaten Gresik dan Kotamadya Surabaya.

Berbagai aktivitas yang dilakukan di kali Surabaya tidak memperhatikan tatanan lingkungan sehingga menimbulkan berbagai dampak negatif yaitu berupa penurunan kualitas air. Degredasi tersebut berkaitan erat dengan penggunaan lahan yang tidak sesuai dan tidak memperhatikan dampak dari penggunaan yang seperti itu. Perubahan penggunaan lahan dapat mempengaruhi keseimbangan lingkungan yang dapat memberikan dampak positif maupun negatif.

Analisis yang dilakukan dengan menggunakan metode inderaja (Penginderaan Jauh) dan model monitoring kualitas air melalui SIG (Sistem Informasi Geografis). Pengevaluasian dan pemonitoran penatan dan pengelolaan lingkungan, khususnya kali Surabaya. Hasil analisis tersebut diharapkan dapat digunakan dalam pengendalian pemanfaatan lahan di wilayah kali Surabaya.

Peralatan yang digunakan dalam penelitian ini meliputi:

1.    Perangkat keras: komputer, digitizer, plotter

2.    Perangkat lunak: software Dimple 3.0 untuk pengolahan citra, arc view spasial Analisis 3.1 untuk analisis data dan pemetaan/SIG, Microsoft Office 97 untuk pengolahan database.

3.    Peralatan untuk pengumpulan data lapangan meliputi: GPS (Global Positioning System) tipe Garmin untuk menenukan koordinat titik kontrol geometri citra dan untuk mengetahui koordinat titik sampling cintoh air sungai.

4.   Peralatan laboratorium kualitas air (tipe Horiba) berupa alat spektrofotometer untuk uji sampling sekali setiap bulan.

Tahapan pembuatan database SIG dilakukan melalui taha-tahap berikut:

a.   Pengelolaan data sekunder yang berasal dari penggunaan lahan tahun 1990, peta topografi, data lapangan.

b.   Digitalisasi peta penggunaan lahan (landuse)

c.    Tumpang susun (overlay)

Kemudian dengan memanfaatkan fasilitas software yang ada dilakukan analisis dan penyusunan data atribut, sehingga didapatkan format data perubahan penggunaan lahan dalam SIG.

http://journal.ui.ac.id/upload/artikel/05-Penggunaan%20Metode%20Analisa_Bangun.PDF

Bioinformatika Dalam Budidaya

Bioinformatika merupakan ilmu terapan yang mempelajari teknik komputerisasi untuk menganalisa dan mengelola informasi mengenai hayati memprediksi struktur untuk protein ataupun struktur sekunder RNA. Metode matematika, informatika dan statistika digunakan untuk memecahkan masalah-masalah biologi.

Setiap mahluk hidup pasti memiliki gen. Begitu jug dengan ikan. Gen dapat mempngaruhi bentuk tubuh, dan kebiasaan hidup induknya. Ekspresi gen dapat ditentukan dengan mengukur kadar mRNA dengan berbagai macam teknik (misalnya dengan microarray ataupun Serial Analysis of Gene Expression ‘Analisis Serial Ekspresi Gen’, SAGE). Teknik-teknik tersebut umunya diterapkan pada analisis ekspresi gen skala besar yang mengukur ekspresi banyak gen (bahkan genom) dan menghasilkan data skala besar. Metode-metode panggalian data (data mining) diterapkan pada data tersebut untuk memperoleh pola-pola informatif. Sebagai contoh, metode-metode komparasi digunakan untuk membandingkan ekspresi di antara gen-gen, sementara metode-metode klasterin (clustering) digunakan untuk mempartisi data tersebut berdasarkan kesamaan ekspresi gen.

Berangkat dari ketersediaan data genome dalam jumlah bejumlah besar ini, terminologi bioligical-datamining menjadi sangat populer. Dataming didefinisikan segagai proses otomatis mengekstrak suatu informasi dari sekumpulan data yang berjumlah besar. Salah satu aplikasi dari penerapan datamining di bioinformatika ini adalah pengembagan pertumbuhan dan perkembangan ikan budidaya, misalnya menekan resiko stres pada ikan atau udang.

Hampir 80% wilayah indonesia merupakan wilayah laut. Keragaman mulai dari gen sampai spesies yang hidup di laut indonesia sangat tinggi dan berpotensi secara ekonomi jika mampu diolah menjadi produk primer dan sekunder. Di indonesia pengembangan keilmuan, teknologi, dan pemanfaatan sumber daya hayati perikanan dan organisme laut memerlukan penanganan lebih serius. Peningkatan jumlah penduduk akan meningkatkan kebutuhan pangan berprotein sumber daya perikanan dapat melengkapi dan membersihkan sumber protein yang cukup.

Rekayasa metabolisme rekayasa bersifat ekstrinsik menggunakan manipulasi medium tumbuh atau simbon untuk elisitas senyawa tertentu yang bergunakan untuk meningkatan produk pharma maupun nutriceutical. Misal: produksi senyawa antikanker. Rekayasa bersifat intrinsik menggunakan manipulasi genetik dengan kombinasai berbagai bioreaktor baik bakteri, jamur, ragi, tumbuhan maupun sel hewan untuk memperoleh suatu produk yang dapat digunakan untuk keperluan produksi pharma dan nutriceutical. Misal produksi vaksin dan agensia teraupetik untuk hepatitis.

http://pdf.kq5.org/pdf/bioteknologi-dalam-perikanan.html#

Berani melepaskan

Ada hal hal yang tidak  ingin kita lepaskan

Orang orang yang tidak ingin kita tinggalkan

Tapi, ada saatnya dimana kita harus berhenti mencintai seseorang bukan karena orang itu berhenti mencintai kita

Melainkan karena kita menyadari bahwa orang itu akan lebih berbahagia apabila kita melepaskanya

Kita tidak ingin melepaskan seseorang ketika kebahagiaan kita sangat tergantung pada orang itu

Kita tidak ingin melepaskan seseorang Ketika merasa dia itu ganteng, cantik, teristimewa dibandingkan dengan yang lain

Kita tidak ingin melepaskan seseorang Ketika kita takut kita tidak dapat menemukan yang seperti dia

Kita tidak ingin melepaskan seseorang Ketika saat saat indah seal terbayang di benak kita

Kita tidak ingin melepaskan seseorang Ketika hati kita berkata saya sangat mencintainya

Ingatlah melepaskan seseorang bukanlah akhir dari dunia, melainkan awal dari suatu kehidupan baru

Kita harus melepaskan seseorang Karena kebahagiaan kita tidak tergantung padaya

Kita harus melepaskan seseorang Karena kita menyadari yang ganteng, cantik dan istimewa belum tentu yang terbaik untuk kita

Kita harus melepaskan seseorang Karena kita tahu Tuhan mengambil sesuatu dan ia telah siap memberi yang lebih baik

Kita harus melepaskan seseorang Ketika saat saat indah hanyalah masa lalu

Kita harus melepaskan seseorang karena kepala kita berkata tidak ada lagi yang dapat dipertahankan

Kegagalan tidak berarti anda tidak mencapai apa apa, namun anda telah memahami sesuatu

Segala sesuatu ada waktunya..

National Center for Biotechnology Information (NCBI)

Perkembangan bioteknologi di berbagai bidang belakangan ini terjadi dengan sangat pesat, sejalan dengan tingkat kebutuhan manusia dimuka bumi. Hal ini dapat dipahami mengingat bioteknologi menjanjikan suatu revolusi pada hampir semua aspek kehidupan manusia, mulai dari bidang pertanian, peternakan dan perikanan hingga kesehatan dan pengobatan. Salah satunya adalah pusat bioteknologi informasi yang mendunia yaitu NCBI

National Centre for Biotechnology Information adalah bagian dari Amerika serikat Nasional Library of Medicine (NLM), sebuah cabang national institutes of health. Para NCBI terletak di Bethesda, Maryland dan di dirikan pada tahun 1988 melalui legislasi di sponsori oleh Senator Claude Peper.

NCBI (National Centre for Biotechnology Information) merupakan suatu institut yang konsen sebagai sumber informasi perkembangan biologi molekuler. NCBI membuat database yang dapat di akses oleh publik, merangsang riset biologi terkomputasi, mengembangkan software penganalisis data genome dan menyebarkan informasi biomedical yang kesemuanya di harapkan mengarah pada pemahaman yang lebih baik tentang proses- proses molekular yang mempengaruhi manusia dan kesehatanya. Situs akses  NCBI : www.ncbi.nlm.gov. Beberapa menu yang di sediakan oleh NCBI yang populer antara lain BLAST, Pubmed, pubmed central, Gene, Genome, Nucleotide, protein,dan SNP. Sejak tahun 1992, NCBI telah berkembang untuk menyediakan database lain selain Genbank. NCBI menyediakan warisan mendel online di man, database Modeling Molekuler (struktur prutein 3D), SNP database polimerfisme nukleotida tunggal, koleksi Gene urutan unik manisia, Peta gene dari genom manusia, browser taksonomi, dan, koordinat dengan National Center Institut.

NCBI juga merupakan salah satu bank data gen, protein dan literature khususnya dibidang kesehatan yang terlengkap dan diacu oleh para peneliti di dunia.  NCBI dibuat pada tahun 1988 sebagai bagian dari Perpustakaan Nasional Kedokteran di NIH untuk:

• Menciptakan sistem otomatis untuk pengetahuan tentang biologi molekuler, biokimia, dan genetika.
  
• Melakukan penelitian dengan metode canggih dengan menganalisis dan menafsirkan data biologi molekuler.
  
• Memungkinkan para peneliti bioteknologi dan tenaga pelayanan medis untuk menggunakan sistem dan metode yang dikembangkan.
  
• Pembangun dan penyedia GenBank, Entrez, Blast, PubMed. Sistem host online yang dikunjungi sekitar 1,8 juta pengguna per hari pada tingkat puncak 3.200 hit web per detik.
  
• Pusat untuk penelitian dasar dan pelatihan dalam biologi komputasi.
  

 

Salah satu tools yang tersedia dalam situs NCBI ini adalah BLAST. BLAST ( Basic Local Alignment Search Tool) merupakan suatu alat pencari yang dapat menyesuaikan dan mencari sekuen yang mirip dengan sekuen meragukan yang kita miliki melalui perbandingan sekuen GenBank DNA database dalam waktu singkat.

Ada 5 program utama dalam BLAST, yaitu:

1.   Nukleotide blast (blastn):  membandingkan suatu sekuen nukleotide yang kita miliki dengan database sekuen nukleotide.

2.   Protein blast (blastp): membandingkan asam amino yang kita miliki dengan database sekuen protein

3.   Blastx: membandingkan produk translasi konsep 6-frame sebuah konsekuen nukleotide yang kita miliki dengan sekuen protein.

4.   Tblastn:  membandingkan suatu sekuen nukleotide yang kita miliki dengan database sekuen nukleotide secara dinamis.

5.   Tblastx: membandingkan suatu translasi konsep 6 frame dari nukleotide.

Bioteknologi memberikan harapan bagi kesejahteraan umat manusia, mulai dari proses–proses bio yang paling sederhana sampai kepada tingkat yang paling canggih. Karenanya, manusia ditantang untuk memanfaatkan peluang–peluang itu demi kesejahteraannya. Tetapi, bagaimanapun canggihnya teknologi, mungkin dapat memunculkan dampak dalam penerapannya. Maka dengan mengacu pada pengalaman–pengalaman penerapan teknologi pendahulunya, dapatlah digunakan bioteknologi ini secara proporsional dengan memasukkan norma–norma etik secara moral. penerapan aturan resmi pemerintah dalam pelaksanaan dan penerapan bioteknologi juga diperlukan, sehingga ada mekanisme pengawasan yang intensif terhadap bahaya potensial yang mungkin timbul akibat kemajuan bioteknologi.